主人公是一名普通的大學生（男）在一次偶然的機會遇到了一個奇怪的少女那個少女擁有不可思議的能力在與少女接觸中，遭遇到了一個專門收容這類少女的組織作為見習工作人員的主人公來到組織之後，發現這個組織里竟然是一個少女收容所這裡所收容的少女全都是擁有超自然力量的存在，不如說，她們就是各種不科學現象的人形化這部作品裡有上百位不可思議的神奇少女她們的能力（屬性）有的實用，有的危險，也有的毫無作用這部作品裡有無限大的腦洞，而這些有趣的腦洞，都將變為特色鮮明的少女身為收容所的管理員主人公為了和這些少女相處可是費勁了腦筋在這個過程中，無數個危險，有趣，感人，奇妙的故事，開始了！